Программа установки Windows Vista спроектирована таким образом, что в конце установки она ищет в папке %WINDIR%\Setup\Scripts файл SetupComplete.cmd. Если таковой находится, все внесенные в него команды выполняются автоматически до первого входа пользователя в систему. Причем выполняются они от имени системной учетной записи LocalSystem. Таким образом, файл SetupComplete.cmd можно применять для реализации широкого диапазона задач - установки приложений, импорта параметров реестра, создания учетных записей, удаления временных файлов и так далее. 

Файл SetupComplete.cmd не входит в состав операционной системы, поэтому его нужно создать самостоятельно и разместить в указанной папке. В статье Добавление файлов в дистрибутив Windows Vista рассматриваются различные способы решения этой задачи. Здесь же я рассмотрю вариант с использованием $OEM$ папок.

В папке $OEM$ нужно создать папку $$, затем в папке $$ создать папку Setup и, наконец, в папке Setup создать папку Scripts. В папке Scripts размещается файл SetupComplete.cmd, в который вносятся необходимые вам команды. В итоге должна получиться такая структура:

Как уже было сказано выше, команды в файле могут быть различными. Ниже приводится несколько таких команд.
 

@echo off
:: Удаление учетной записи Admin из группы Пользователи
net localgroup Пользователи Admin /delete
:: Импорт твиков реестра
start /wait regedit /s %DiskRoot%\Install\hklm.reg
:: Установка приложения 7-zip
start /wait %DiskRoot%\Install\7z464.msi /qn
exit