Чтобы включить ограничения, необходимо в файле WINCMD.INI папки Windows в разделе [Configuration] добавить строку RestrictInterface=x. Вместо x подставьте сумму чисел, соответствующих требуемым ограничениям из нижеприведенных. Удаление добавленной строки снимает ограничения.

1 запрет меню «Запуск»
2 запрет работы с командной строкой
4 запрет настройки панели инструментов
8 запрет контекстного меню дисков
16 запрет контекстного меню файлов
32 запрет изменения списка избранных папок
64 запрет работы с FTP ([Ctrl]+[N], [Ctrl]+[F])
128 запрет клавиши [Enter] (запрет запуска программ и открытия файлов)

Возможность запуска Windows Commander с ключом /i, указывающим путь к альтернативному INI-файлу конфигурации, можно интересно обыграть. Так, самое очевидное применение - использовать персональные настройки для работы с программой нескольких пользователей одного ПК.
Если Windows сконфигурирована на персонализированную настройку Рабочего стола для каждого пользователя, можно вручную создать ярлыки для запуска Windows Commander, указывающие на различные конфигурационные файлы.
В Windows NT/2000 настройки удобнее хранить в папках персональных профилей. Тем более, что используя переменные среды, можно создать на Рабочем столе (меню Пуск и т. д.), общем для всех пользователей, единый ярлык, обеспечивающий персонализированную работу с Windows Commander. Командная строка его запуска будет следующей:

WINCMD32.EXE /i=%UserProfile%\WINCMD.INI

Пример запуска Тотал Командера у меня (я его вообще не устанавливаю, просто копирую и запускаю с помощью батника):
Start C:\WinTools\TC\TOTALCMD.EXE /i=.\wincmd.INI /f=.\wcx_ftp.ini